Иеромонах Пафнутий (в миру Алексей Миргасимович Габидулин) родился 7 июля 1979 года в Воронежской области. Получил высшее образование в Воронежской государственной технологической академии на факультетах экономики и прикладной биотехнологии. Работал в Обнинске по специальности, создавая инновационную лабораторию, поступил в аспирантуру.

В 2003 году поступил в Свято-Георгиевский Мещовский монастырь, где исполнял послушание келаря, эконома, скитоначальника. Пострижен в монашество честь прп. Пафнутия Боровского.

В 2010 г. окончил Калужскую духовную семинарию. В 2011 г. митрополитом Калужским и Боровским Климентом рукоположен в священный сан.

В апреле 2021 г. назначен настоятелем архиерейского подворья Калужского Лаврентьева монастыря.

30 декабря 2021 г. указом митрополита Калужского и Боровского Климента назначен исполняющим обязанности наместника Рождества Богородицы Боровского Пафнутьева монастыря.

29 декабря 2022 года, согласно постановления Священного Синода Русской Православной Церкви, назначен на должность наместника Рождества Пресвятой Богородицы Свято-Пафнутиева Боровского мужского монастыря.

15 января 2023 года возведен в игумена Митрополитом Калужским и Боровским Климентом с вручением игуменского жезла.