РАЗРУШЕННЫЕ И НЕ СОХРАНИВШИЕСЯ ХРАМЫ И СТРОЕНИЯ
НАДВРАТНАЯ ЦЕРКОВЬ ПРЕПОДОБНОГО ПАФНУТИЯ
В 1620–1640 гг. строится надвратная церковь в честь преподобного Пафнутия Боровского. Ее здание было совмещено с некогда трех-, а сейчас двухэтажным зданием Юго-восточного братского корпуса. По причине ветхости в 1837 году церковь разобрали, а кирпичи использовали в постройке трапезной, примыкающей к собору Рождества Пресвятой Богородицы.
ЦЕРКОВЬ В ЧЕСТЬ АРХАНГЕЛА МИХАИЛА
С южной стороны собора, примыкая к приделу Федора Стратилата, в старину была пристроена церковь Архангела Михаила с усыпальницей в честь небесного покровителя князя Михаила Волконского (разобрана в 1828 году). До времен реставрации 1960-х годов на месте храма стоял памятный крест.
ЦЕРКОВЬ УСПЕНИЯ ПРЕСВЯТОЙ БОГОРОДИЦЫ
В XVII веке (на месте нынешнего двухэтажного здания XX века, в районе восточного его крыла) была построена пятиглавая церковь Успения Пресвятой Богородицы, которую разобрали в конце XIX века. Постановлением Совнаркома в 30-е годы XX века здесь было построено здание Управления исправительно-трудовой колонии.
ЦЕРКОВЬ ВСЕХ СВЯТЫХ
Также на месте нынешнего двухэтажного здания XX века, расположенного между собором, Братской трапезной и Юго-восточным Братским корпусом, в районе северного крыла строения, находился алтарь церкви Всех Святых XVIII века с усыпальницей князей Оболенских, Волконских, Щербатовых, Репниных. Вокруг церкви было монастырское братское кладбище.
ЧАСОВНЯ С КОЛОДЦЕМ
Часовня с колодцем была расположена рядом с западными братскими кельями. Разобрана в XIX веке.