Наиболее почитаемой книгой монастыря было известное Макарьевское Евангелие 1533 г. с высокохудожественными миниатюрами, подаренное монастырю Макарием еще в бытность его архиепископом Новгородским. В библиотеке было еще одно Евангелие, о котором упоминается в труде иеромонаха Леонида (Леонид (Кавелин Л. А.) Обозрение рукописей и старопечатных книг в книгохранилищах монастырей и сельских церквей Калужской епархии // Чтения при Императорском обществе истории и древностей Российских. СПб., 1865). На первом листе этого Евангелия была надпись: «Лета 1602 сентября в 25 день на память преподобного отца нашего Сергия Радонежского Чудотворца. Сия книга, глаголемая Евангелие, положила в дом Пречистыя Богородицы и славного ее Рождества и преподобного отца нашего Пафнутия Боровского на престол в монастыре Ирина Андреевская жена Петровича Клешнина, на поминание души мужа своего Луппа, по иконе Схимнике Левкее, и по его родителям, и по своей души». Начальные слова и евангелисты были расписаны золотом. Верхняя дека — серебряная, чеканная, позолоченная с изображением на ней резного с чернью распятия с предстоящими Богоматерью и Иоанном Богословом. Само распятие все было унизано жемчугом между евангелистами и по краям деки, на которой также были укреплены четыре драгоценных камня.

Известно, что Макарьевское Евангелие хранится в Государственном историческом музее г. Москвы. Сообщений о местонахождении Евангелия Ирины Клешниной мне не встречалось.

При описании библиотеки монастыря, опубликованном в «Чтениях при Императорском обществе истории древностей Российских» за 1865 г., и. Леонид приводит следующие цифры: всего в библиотеке содержалось книг рукописных — пятнадцать, старопечатных — пятьдесят девять" (С.А.Добров).

Традиция содержать библиотеку сохранилась и в наше время. Современная библиотека Пафнутиева монастыря, конечно, уступает библиотекам крупных монастырей, но для сельской местности является вполне удовлетворительной. Библиотека доступна как для братии монастыря, так и для приезжих паломников.  Фонд библиотеки постоянно увеличивается, так что даже учащаяся в Калужской духовной семинарии братия, во многом обеспечивается учебной литературой из монастырской библиотеки. Разнообразие тематических разделов может удовлетворить читателей самых разных категорий. Начиная от святоотеческой, высокодуховной литературы и заканчивая журналами и художествеными томами - каждый найдет здесь книгу по душе. Как и всегда есть в правилах работы ряд ограничений, и не вся литература выдается на руки. Также необходимо упомянуть, что для первой записи требуется паспорт.